Mikrobiyolojik Ekim, Sayım ve Boyama Yöntemleri

MİKROORGANİZMA EKİM YÖNTEMLERİ ve SAYIMI:
Tanım: Gıda maddesi üzerinde bulunan mikroorganizmaların sayılarının belirlenmesi amacıyla yapılan ekim işlemidir.
Gıda Bilimi ve Endüstrisi ile İlişkisi: Bir gıda maddesinde
mikroorganizma sayısı belirlenerek o gıdanın gıda tüzüğünde belirtilen
değerlere uygunluğunun saptanarak, sağlıklı olup olmadığı belirlenir.
Gıda Örneklerinde Toplam Bakteri Sayımı:
Özet:
Bu yöntem fermente gıdalar gibi doğal niteliği yönünden yüksek sayıda
mikroorganizma içerenler dışında bir çok gıdada kalite kriteri olarak
kullanılır. Yöntemlerde belirtilen besi ortamlarına ekilen gıda örneği
seyreltimleri belli süre ve sıcaklıkda, aerobik koşullarda inkübe
edilir. Toplam bakteri sayımında, dökme ve yayma plak teknikleri gibi
kültürel sayım yöntemleri kullanılır.
1. Dökme Plak Yöntemiyle Toplam Bakteri Sayımı:
Materyal:
· Mikroskop
· Otoklav
· Etüv(220°C’ye kadar ayarlanabilir)
· Su banyoları
· Stomacher veya blender
· Bunzen beki
· Steril pens
· Tüp karıştırıcı
· Steril drigaski , özeler
· Cam veya plastik steril petriler
· Steril pipetler
· Deney tüpleri ve tüp taşıyıcıları
· Erlen, beher
· Plate Count Agar(PCA),EMB
· Mercimek
Metot:
Ø 10g gıda maddesi tartılır ve 90ml fizyolojik su içine konur. Bu
karışım stomacher’de homojenize edilir. Bu dilisyon –1 dilisyonudur.
Ø –1 dilisyonundan 1ml alınır ve içinde 9 mlt fizyolojik su bulunan deney tüpüne aktarılır. Bu –2 dilisyonudur.
Ø –2 dilisyonundan 1 ml alınarak içinde 9 ml fizyolojik su bulunan deney tüpüne aktarılır. Bu –3 dilisyonudur.
Ø Üzerlerine seyreltim değerleri yazılmış petri kutularına –1,-2,-3
dilisyonlarından 1’er ml konulur. Petriler üzerindeki numaralar
seyreltim numaraları ile aynı olmalıdır.
Ø Agarlı besi ortamı kaynar su banyosunda 45°C’ye kadar soğutulur. Her petriye 15-20 ml besi yeri dökülür.
Ø Petrilere hafif salınım hareketi verilerek örnek ile besi yerinim karışması sağlanır.
Ø Besi ortamı katılaştıktan sonra petriler ters çevrilerek 25°C’ de 24-48 saat inkübe edilir.

Kullanılan Çözeltiler:
Plate Count Agar (PCA):
Trypton 5 gr
Yeast agar 2,5 gr
Glukose 1 gr
Agar 15 gr
Destile su 1 lt

Eosin Methylen Blue Agar (EMB):
Pepton 10 gr
Laktoz 10 gr
K2HPO4 2 gr
Agar 15 gr
Eosın Y 0,4 gr
Methylen Blue 0,065gr
Destile su 1 lt
2. Yayma Plak Yöntemiyle Toplam Bakteri Sayımı:
Materyal:
Gerekli cihaz ve malzemeler dökme plak yönteminde anlatıldığı gibidir.
Yalnız burada besi yeri olarak DRBC agar kullanılır. Bu besi yeri ile
küfler sayılır.
Metot:
Ø –1,-2,-3 dilisyonları daha önce anlatıldığı gibi hazırlanır.
Ø Boş petrilere 15-20 mlt besi yeri dökülür. Besi yerinin donması
beklenir ve üzerine her dilisyondan 0,1 er mlt pipetle aktarılır.
Ø Petrilere 0,1 er mlt örnek koyulduğu için bir kez daha seyreltim
yapılmış gibi sayılır ve petrilere koyulan seyreltim derecesinden bir
düşük sayı ile numaralandırılır:-1 -2
Ø Koyduğumuz örnekleri drigaski ile agarın yüzeyine yayarız.
Ø 25°C de 5-7 gün inkübe edilir.

Kullanılan Çözeltiler:
DRBC Agar:
Glukoz 10 gr
Bakteriyolojik pepton 5 gr
KH2PO4 1 gr
MgSO4.7H2O 0,5 gr
Rose bengal 0,5 mlt
Dikloran 1 mlt
Kloram fenikol 0,1 gr
Agar 15 gr
Damıtık su 1000 mlt

3. Direkt Ekim Yöntemi:
Materyal:
· Malt Extract Agar(MEA)
· Nohut
· Diğer materyaller daha önceki yöntemlerde kullanılan materyallerdir.

Metod:
Ø Behere 50 gram nohut konur. Üzerini kaplayacak kadar %4’lük NaOCl ile 1 dakika boyunca çalkalanır.
Ø Daha sonra bu çözelti dökülüp nohutlar beher içinde steril su çalkalanır.
Ø Steril su dökülüp tekrar steril su eklenir, çalkalanır ve dökülür.
Ø Beş adet nohut steril bir pensle alınıp dikkatli bir şekilde besi
yerine konulur. Nohutların petri kutusu içinde kaymamasına,
birbirlerine değmemesine ve besi yerinin nohutlar dikilirken
yırtılmamasına özen gösterilmelidir.

Kullanılan Maddeler:
Malt Extract Agar:
Malt Extract 30g
Agar 20g
Destile su 1 lt


Mikroorganizma sayısının belirlenmesi:
Petri kutusunda sayım yaparken bakteriler ve mayalar için 25-250 koloni
gelişmiş petriler seçilirken, küfler için ise 10-25 koloni gelişen
petriler seçilir. Mikroorganizma sayısı aşağıdaki formül ile
bulunabilir:
Mos. sayısı (cfu/g) = Petrideki koloni sayısı * petri kutusuna ekilen miktar (ml) /seyreltme oranı

Hata Kaynakları:
· Dökülen besi yerlerinin petri kutusuna iyi dağıtılamaması.
· Katı parçacıklar bulunan besi yeri dökülmesi.
· Yeterli seyreltme yapılamaması.
· Sayım yaparken dikkat edilmemesi.



BOYAMA YÖNTEMLERİ ve MİKROORGANİZMALARIN BOYANMASI:
Tanım:
Mikroorganizmaların pek çoğu renksiz olduklarından normal ışık
mikroskobu ile görülmeleri zordur. Mikroorganizmaların mikroskopta
görünür hale getirilmesi için preparat hazırlandıktan sonra uygun boya
çözeltileriyle boyanmaları işlemine “mikroorganizmaların
boyanması”denir.
Boya bir benzen halkasına bağlı kromofor ve okzokrom gruplarını taşıyan
organik bir bileşiktir. Kromofor grup moleküle renk özelliği verir,
ancak bu bileşik renkli olmasına rağmen henüz boya karakterinde
değildir. Bu maddenin herhangi bir ortama tutunma özelliği yoktur. Bu
özellik okzokrom grubu ile sağlanır. Okzokrom grubu moleküle
elektrolitik çözünme özelliği vererek tuz meydana getirilmesini sağlar.
Okzokrom grubu boyanın renk tonunu değiştirebilir. Ancak rengin ortaya
çıkmasını sağlayamaz.
Boya Çeşitleri:
· Bazik Boyalar: Bazik fuksin, Kristal violet, Metilen mavisi, Safranin.
· Asit Boyalar : Nigrosin, Eosin, Asit fuksin.
· Nötr Boyalar : Giemsa, Leishman

Gıda Bilimi ve Endüstrisi ile İlişkisi:
Boyama yöntemleri ile mikroorganizmaların sınıflandırılması ve
tanımlanması, genel olarak şeklinin gözlenmesi mümkündür. Boyama ile
bir gıda ürününün ekim işleminden sonra açığa çıkan kültürlerden şüphe
duyulanların hangi mikroorganizmalar olduğu belirlenir. Böylece insan
sağlığı açısından güvenilir bilgiler elde edilebilir. Ayrıca boya
maddeleri mikroorganizmaların boyanmasının dışında başka amaçlar için
de kullanılmaktadır. Örneğin trifenil içeren bazı boyalar bazı
mikroorganizmalar üzerine öldürücü etkiye sahip olduklarından,
mikroorganizmaların izolasyonunda besi yerine inhibitör ajan olarak
ilave edilmektedir. Böylece istenmeyen mikroorganizmaların gelişmesini
önleyerek besi yerine seçici özellik kazandırır.

Boyama Yöntemleri:
· Basit Boyama
· Gram Boyama
· Endospor Boyama
· Flagella Boyama
· Kapsül Boyama
· Küf Boyama

1. Gram Boyama
Tanım:
Mikrobiyolojide çok kullanılan bir yöntemdir. Bakteriler bu yöntemle
iki gruba ayrılırlar. Mor-menekşe renge boyanmış mikroorganizmalar gram
pozitif, pembeye boyananlar ise gram negatif olarak tanımlanırlar. Bazı
mikroorganizmaların yaşlandıkça gram reaksiyonlarında değişiklik
olabileceğinden 18-24 satlik genç kültürlerden hazırlanan preparatlar
kullanılmalıdır.

Materyal:
· Lam
· Öze
· Besiyerinde bakteri kültürü (PCA petrisinde)
· Boya çözeltileri: Crystal violet, gramın iyot çözeltisi, safranin veya sulu fuchsin
· %95’lik etil alkol
· Kurutma kağıdı
· İmmersiyon yağı
· Mikroskop(100Xobj.)

Metod:
a)Preparat Hazırlanması:
Ø Temiz bir lam üzerine öze ile bir damla steril fizyolojik tuz çözeltisi damlatılır.
Ø Öze bunzen alevinde sterilize edilir,soğuması için kısa süre beklenir.
Ø Steril öze ile katı besiyerinden bir miktar kültür alınır.
Ø Kültür lam üzerine damlatılmış su ile karıştırılır.
Ø Öze bunzen alevinde sterilize edilip,yerine konur.
Ø Preparatın kuruması için bir süre beklenir.
Ø Bir pens yardımıyla bir ucundan tutulan lam bunzen aleviden 3 kere geçirilir.

b)Boyama Yöntemi:
Ø Uygulamada hazırlanan preparat üzerine crysal violet damlatılarak 1-2 dak. beklenir.
Ø Su ile hafifçe yıkanarak boyanın fazlası akıtılır.
Ø Lugol çözeltisi damlatılarak 1 dak. bekletilir.Sürenin sonunda Lugol çözeltisi akıtılır.
Ø Preparat %95’lik etil alkol ile yıkanır.(10-15 sn )
Ø Preparat, saf sudan geçirildikten sonra sulu carbol fuchsin çözeltisi ile 10-30 saniye boyanır.
Ø Damıtık su ile iyice yıkanır ve kurulama kağıdı ile hafifçe suyu alınır ve kurumaya bırakılır.
Ø İmmersiyon objektifi ile mikroskopta incelenir.

Kullanılan çözeltiler:
Crystal Violet Çözeltisi:
Crystal Violet 0.50 g
Damıtık Su 100.00 ml

Lugol çözeltisi
İyot 1.00 g
KI 2.00 g
Damıtık Su 300.00 ml

Carbol Fuchsin (Ziehl-Neelsen)
Basic fuchsin 1.00 g
Etanol (%95) 10.00 ml
Fenol (%5’lik çözeltisi suda) 100.00 ml

2.Küf Boyama:
Materyal:
· Lam
· Öze
· Küf kültürü
· Lactofenol
· %95’lik etil alkol
· Kurutma kağıdı
· İmmersiyon yağı
· Mikroskop
· Lamel

Metot:
Ø Temiz bir lam üzerine bir damla lactofenol çözeltisinden damlatılır.
Ø İğne uçlu öze ile spor yapısını içeren kültür bir miktar besiyeri ile birlikte alınarak çözelti üzerine konur.
Ø Üzerlerine bir damla alkol damlatılıp hava kabarcığı kalmayacak şekilde lamel kapatılır.
Ø Preparat mikroskopta incelenir.

Kullanılan Çözeltiler:
Lactofenol Çözeltisi:
Fenol (kristal) 20 g
Laktik Asit 20 g
Gliserol 40 g
Saf su 100 ml

Hata Kaynakları:
· Yeterli steril koşullarda çalışmama.
· Besi yerinden kültür alımına dikkat etmeme.
· Preparat alınırken kültürün lam üzerindeki su ile iyice karıştırılmaması.
· Mikroorganizmaların lam üzerine iyice fiksasyon edilmemesi.
· Damlatılan boyaların gereğinden fazla veya az damlatılması.
· Bekleme sürelerinin yeterli olmaması.
· Su ile yıkamada mikroorganizmaların kayıp olması.
· Kurutma kağıdının fazla bastırılması.
· Küf boyamada lamelin hava alacak şekilde kapatılması.

Ekler:
→Gıdadaki mikroorganizmaların tüm yüzeye yayılması için parçalama
işlemi yapılır. Bu işleme homojenizasyon denir. Homojenizasyonda üç tip
alet kullanılır:
-Stomacher: Dilüsyon sıvısı içinde bulunan maddeyi pedalları ile döverek parçalayıp sıvıya homojen olarak dağıtan alettir.
-Blender: İçinde bulunan bıçağın dönmesi sonucu homojenizasyon sağlayan alettir.
-Top drive homogenizer: Bıçağın üstten aşağıya dönerek inmesiyle homojenizasyon sağlayan alettir.

→Gram pozitif bakterilerin alkol ile muameleden sonra crystal
violet-iyot kompleksini bırakmamalarının nedeni hücre duvarının
özelliklerinden kaynaklanmaktadır. Gram-negatif bakterilerde ince bir
peptidoglycan tabaka bulunur ve yağ oranı daha fazladır. Gram-pozitif
bakterilerde ise peptidoglycan tabaka daha kalındır. Gram boyamanın
uygulanmasından sonra oluşan crystal violet-iyot kompleksi, alkol ile
yıkamada gram pozitif bakterilerde kalın peptidoglycan tabakadan
çıkamaz ve hücre içinde kalarak hücrenin mor renkte görünmesine neden
olur. Gram negatif bakterilerde ise alkol, hücre duvarının dışındaki
lipopolisakarid tabakada delikler oluşturur. Böylece alkolden sonraki
su ile yıkamada boya yıkanır ve gram negatif bakteriler başlangıçtaki
şeffaf durumlarına dönerler. Bu aşamadan sonra bakteriler karşıt boya
olan safranin ile boyandıklarında boyayı tuttukları için renkleri
pembe-kırmızı görünür. Gram pozitif bakterilerde safraninin bir etkisi
olmadığı için hücrenin renginde son olarak bir değişiklik meydana
gelmez.

Sonuçlar ve Bulgular:
Dökme plak – PCA: 46.102
EMB: 1.102
Yayma plak – DRBC: 2.104
Direk ekim – MEA: Oğuzhan - %60
Nükhet - %80
Serli - %100
Serpil - %100

Referanslar:
Ø HEPERKAN, D. 1998, Gıda Mikrobiyolojisi Ders Notları, İstanbul
Ø Gıdalarda Temel Mikrobiyolojik Analiz Yöntemleri, Tübitak
Ø GÜRGÜN,V.; A.K. HALKMAN. 1998 Mikrobiyolojide Sayım Yöntemleri. Gıda Teknolojisi Yayınları, Yayın No: